Навигация
Характеристика ПЦР единственной клетки. Эффективность амплификации
25457
знаков
0
таблиц
1
изображение
3.1 Характеристика ПЦР единственной клетки. Эффективность амплификации
Эффективность ПЦР единственной клетки значительно ниже, чем обычной ПЦР, в которой количество ДНК-матрицы может быть в несколько раз больше. Снижение эффективности метода может происходить в результате разнообразных причин, касающихся как образца, так и самой процедуры ПЦР. К операционным проблемам относят потерю материала во время переноса клетки в пробирку или внезапный лизис до помещения клетки в пробирку, что снижает эффективность амплификации или приводит к ее отсутствию. Внутренние факторы заключаются в отсутствии ядра, дегенерации клетки с потерей или деградацией ДНК. Эти факторы контролировать значительно сложнее. На эффективность ПЦР, кроме процедуры переноса высококачественной ядросодержащей клетки, также влияет качественный лизис клетки с целью получения ДНК-матрицы.
3.2 Контаминация
Одна молекула ДНК на гаплоидный геном (вторичное полярное тело, ооцит или спермий) или две молекулы на диплоидный геном (бластомер или первое полярное тело) при таком малом количестве исследуемого материала любая примесь, случайно попавшая в пробирку для анализа, приводит к ошибкам клинической ПГД. Большое количество циклов для усиления сигнала и наличие только одной молекулы ДНК в анализируемом образце делают эту проблему наиболее значимой в ПГД. К сожалению, не существует единой стратегии, эффективно гарантирующей полное исключение контаминации, но ее уровень можно снизить, осуществляя регулярное тестирование всех ПЦР-реагентов, растворов для промывки и лизиса клеток на загрязнение перед процедурами ПГД.
Во избежание контаминации ДНК из сперматозоидов и яйцеклеток, которые могут присутствовать в "zona pellucida" человеческого эмбриона, бластомеры должны быть тщательно отобраны под микроскопом и отмыты холодной стерильной средой перед переносом в пробирку для ПЦР-анализа.
3.3 Преимущественная амплификация одного аллеля
Другая проблема, характерная для ПЦР-анализа одной клетки - преимущественная амплификация одного из аллелей (ПАОА), при этом один из двух присутствующих в гетерозиготном состоянии аллелей амплифицируется более успешно, чем другой. Для аутосомно-рецессивных заболеваний, при которых оба родителя могут нести разные мутации одного гена, такое явление может приводить к ошибочной диагностике. Частота ПАОА может быть довольно высокой и составлять до 25% случаев клинической ПГД. Причины ПАОА остаются невыясненными, но экспериментальные данные свидетельствуют о том, что к ним могут относиться условия проведения ПЦР, неполный клеточный лизис, неполная денатурация ДНК, которая необходима для амплификации обоих аллелей и др. ПАОА может выявляться при анализе ПЦР-продукта в геле с использованием окраски бромидом этидия. В то же время применение флюоресцентно-меченных праймеров для выявления продукта ПЦР с использованием автоматического генетического анализатора значительно снижает опасность ПАОА.
Самым распространенным методом снижения ПАОА, применяемым в настоящее время, является использование связанных маркеров. Этот метод может служить также и контролем контаминации. Его суть состоит в использовании многолокусной ПЦР, при которой одна пара праймеров отжигается в исследуемом локусе, а другая - на соседнем фрагменте ДНК.
Еще одной важной проблемой ПГД, как цитогенетической, так и молекулярной, является обнаружение при некоторых заболеваниях значительного уровня хромосомного мозаицизма, даже в нормальных эмбрионах. В связи с этим один бластомер, взятый для анализа, может оказаться неинформативным в отношении всего эмбриона.
4 Стратегии ПЦР, применяемые в ПГД
4.1 ПЦР с вложенными призерами
Для того, чтобы четко выявить ПЦР-продукт в геле с помощью окраски бромидом этидия или нитратом серебра, необходимо примерно 50 - 60 циклов ПЦР с уникальной последовательностью, хотя Taq-полимераза может начать "ошибаться" примерно после 40 циклов, в результате чего появляется неспецифический продукт. Решить эту проблему можно при использовании ПЦР с вложенными праймерами для увеличения чувствительности и специфичности ПЦР с единственной молекулы ДНК. Первый раунд ПЦР увеличивает количество анализируемого фрагмента ДНК, содержащего возможную мутацию. ПЦР-продукт (полученный в первом раунде) используется как матрица для второго раунда амплификации с другим набором праймеров, расположенным внутри первого фрагмента. Таким образом, увеличивается специфичность ПЦР. Использование двух различных наборов праймеров значительно снижает риск контаминации.
4.2 ПЦР с использованием флюоресцентно-меченных праймеров
ПЦР с использованием флюоресцентно-меченных праймеров (ПЦР ФП) по многим причинам в последнее время стала методом выбора, который широко используют в лабораториях для анализа ДНК единственной клетки. Использование лазерных систем автоматического анализа фрагмента, меченного различными флюоресцентными молекулами, во много раз увеличивает чувствительность выявления ПЦР-продукта по сравнению с окраской бромидом этидия или нитратом серебра, а также снижает риск контаминации. Автоматическая система четко фиксирует изменения размера полученного продукта даже в один нуклеотид. Кроме того, отпадает необходимость в долговременном электрофорезе фрагментов ДНК в полиакриламидном геле, поэтому анализ может быть проведен в кратчайшее время.
Похожие работы
... в крови активность ангиотензин-конвертирующего фермента. Вследствие уменьшения альвеолярной вентиляции развивается респираторный ацидоз (снижение рН и повышение РС02) . Пути оптимизации лабораторной диагностики туберкулеза Проводимая в последние годы большая организационная работа по осуществлению противотуберкулезных мероприятий позволяет ожидать снижения эпидемиологических показателей, но ...
... живые организмы-и удивительное многообразие генов, кодирующих эти белки. В геноме каждого человека есть какие-то области, определяющие его индивидуальность. Некоторые гены человека отличаются от генов крысы всего несколько нуклеотидами-знаками генетического кода. Другие гены у них разные, но одинаковые у двух людей. Изменчивость, связанная с существованием генов , подобных генам группы крови у ...
... каждого отдельного открытия прожить? Если бы не открыли - прожили бы. А.П. Назаретян: С вашей точки зрения, какие проблемы из тех, что встанут перед человечеством, без генетической инженерии разрешиться не смогут? Е.С. Платонов: Самые разные. Во-первых, это проблемы ранней диагностики и лечения наследственных аномалий. Во-вторых, возможности и задачи транспланто-логии в расширенном понимании. ...
... заболевания. Определение маркеров опухолей хотя и дорогой, но очень важный метод исследования, без которого в ряде случаев обойтись просто невозможно. Большинство лабораторных методов исследования требуют специального оборудования. Так, для подготовки и сохранения проб при заданной температуре, а также проведения бактериологических и серологических исследований используют термостаты, а также ...
0 комментариев