Бранденбургских концертов (1721), 5 увертюр-сюит (около 1721, 1729-30), симфония (обработка Бранденбургского концерта № 1, около 1730);

6 Бранденбургских концертов (1721), 5 увертюр-сюит (около 1721, 1729-30), симфония (обработка Бранденбургского концерта № 1, около 1730);

концерты для инструментов с оркестром-
для скрипки с оркестром (a-moll, E-dur, около 1721; g-moll, D-dur отрывок; d-moll, около 1721), 7 для клавесина с оркестром (d-moll, E-dur, D-dur, A-dur, f-moll, F-dur, g-moll, между 1730 и 1733), 3 концерта для 2 клавесинов с оркестром (c-moll, C-dur, между 1727 и 1730; c-moll, около 1730), 2 концерта для 3 клавесинов с оркестром (d-moll, C-dur, между 1730 и 1733), концерт для 4 клавесинов с оркестром (a-moll, обработка концерта А. Вивальди для 4 скрипок с оркестром между 1730-1733), концерт для флейты, скрипки, клавесина с оркестром (a-moll,- так называемый тройной концерт-Trippelkonzert, после 1730);

камерные ансамбли-
6 сонат для клавесина и скрипки, сюита для клавесина и скрипки, 3 сонаты для клавесина и виолы да гамбы (или виолончели), 3 сонаты для клавесина и флейты, 4 сонаты ("инвенции") для скрипки и чембало, 3 сонаты для флейты с цифрованным басом; трио-сонаты: для 2 скрипок с цифрованным басом, для 2 скрипок и чембало, для флейты и скрипки с цифрованным басом, для 2 флейт с цифрованным басом;

для органа-
6 органных концертов (1717), 18 прелюдий и фуг (1700-17, 1723-39), 3 фантазии и фуги (1700-08), 5 токкат с фугами (1700-08), 3 прелюдии (1700-08), 8 маленьких прелюдий и фуг (1708-17), фуги (c-moll, G-dur, 1700-08; c-moll на тему Дж. Легренци, g-moll, h-moll на тему А. Корелли, 1708-09; c-moll, 1716), фантазии (h-moll, C-dur, h-moll con imitazione, C-dur неоконченная, 1700-1717), пассакалия (1716-17), пастораль (1703-07), канцона (1709), Allabreve (около 1709), педальное упражнение (Pedal-Exercitium, 1700-03), 46 хоральных прелюдий (включены в Органную тетрадь - Ог-gelbuchlein, для Вильгельма Фридемана Баха, около 1717), 6 хоралов, так называемые Шюблеровские хоралы (между 1746-50), 18 хоралов, так называемые Лейпцигские (последний - предсмертный - Пред твой трон явлюсь я - Vor deinen Thron trct'ich hiermit, 1747-50), 5 канонических вариаций на тему "С высот небесных" ("Vom Himmel hoch da komm ich her", 1746-47), 7 хоральных вариаций на тему "Христос, ты весь как светлый день" ("Christ, der du bist der helle Tag", около 1700), 9 хоральных вариаций на тему "О, боже, ты святый боже" ("О Gott, du frommer Gott", около 1700), 11 хоральных вариаций на тему "Привет тебе, Иисусе любезный" ("Sei gegrusset, Jesu gutig", около 1700 и позднее), 17 вариаций на тему "Хвала одному богу в небесах" ("Allein Gott in der Hoh'sei Ehr'", около 1705);

для клавесина-

20 маленьких прелюдий (1717-23), 4 прелюдии и фугетты (1700-08), 3 прелюдии и фуги (1700-08, 1717-23, после 1723), 6 прелюдий для начинающих (1717-23), 2 прелюдии-фантазии (1700-08), 15 двухголосных инвенций, 15 трёхголосных симфоний-инвенций (1700-23), Каприччо в честь Иоганна Христофа Баха (около 1704), Каприччо на отъезд возлюбленного брата (Capriccio sopra la lontananza del suo fratello dilettissimo, 1704), фугетта c-moll (1700- 08), 2 фантазии и фуги (1717-23, после 1723), фантазия с неоконченной фугой C-dur (около 1708). 2 фантазии (1700-17), фантазия-рондо c-moll (1700-08), фантазия-прелюдия (a-moll, 1708-17), Хроматическая фантазия и фуга (a-moll, 1720-23), 8 фуг (1700-17), 2 фуги на тему Альбинони (1708-17), 7 токкат (1700-07, 1720), 2 сонаты (1700-09), ария с вариациями в итальянской манере (Aria variata alla maniera italiana, a-moll, около 1709), сюита (g-moll, 1700-03), 3 сюиты (1708-17), сюита f-moll (неокончена, 1717-23), 6 французских сюит (первые 5 сюит вошли в 1-ю нотную тетрадь Анны Магдалены Бах, 1722), 6 английских сюит (1720-22), Адажио (около 1720), Хорошо темперированный клавир (1-я часть, 24 прелюдии и фуги, 1722; 2-я часть, 24 прелюдии и фуги, 1744), 6 партит (1726-30), Итальянский концерт F-dur (французская увертюра, 1735), Ария с 30 вариациями (Гольдберговские вариации, 1742), 2 нотные тетради Анны Магдалены Бах (Notenbuchlein fur Anna Magdalena Bach, 1-я тетрадь, 1722, 2-я тетрадь, 1725), Клавирная книжечка (Klavierbuchlein) Вильгельма Фридемана Баха (1720-23), Искусство фуги (1749-50);

для одного инструмента соло-
3 сонаты для скрипки, 3 партиты для скрипки, 6 сонат (сюит) для виолончели, в том числе D-dur для виолы помпозы, соната для флейты, 3 партиты для лютни. Маленькая прелюдия для лютни; хоралы, духовные и светские песни, в том числе- 4 мотета для 8 голосов (между 1733 и 1734), сольные (итальянские кантаты, в том числе № 203- Амур изменник-Amore traditore, около 1734-35; № 209- He знаю, что такое грусть - Non sa che sia dolore, около 1734-35), каноны, в том числе Загадочный канон (посвященный Иог. Вальтеру, 1713), Загадочный 4-голосный канон (посвященный Фр. Гудеману, 1727), 2-голосный канон (посвященный И. М. Геснеру, 1734), Тройной 6-голосный канон (Canon triplex а 6 voc., 1747, представлен Бахом к вступлению в Мицлеровское общество), 3-голосный канон (для И. Г. Фульда, 1747), 7-голосный канон (для Балтазара Шмид-та, 1749), 186 хоралов для 4 голосов (опубликованы И. Кирнбергом и К. Ф. Э. Бахом, 1784-87), около 30 песен на немецкие духовные и светские лирические тексты (в том числе 21 вошла в так называемую "Музыкальную книгу песен" Г. Шемели - "Musikalisches Gesangbuch" и 10 песен из 2-й нотной тетради Анны Магдалены Бах);

обработки для клавесина различных произведений-
в том числе 16 концертов разных авторов (А. Вивальди, Б. Марчелло, герцога И. Э Веймарского, Г. Ф. Телемана и др., около 1717) и др.